El compositor José Javier Peña Aguayo inició sus estudios musicales en la Escuela Libre de Música “Ernesto Ramos Antonini”, donde se inició en el piano. Comenzó la composición bajo la tutela de Ignacio Morales Nieva y realizó sus estudios de composición en el Peabody Conservatory, donde sus profesores fueron Ronald Caltabiano y Morris Cotel, y en la Juilliard School, donde estudió con Milton

Babbitt y Christopher Rouse. También ha realizado estudios con Robert Beaser, John Corigliano, Betsy Jolas, Phillipe Leroux, Julio Estrada, José Manuel López López y José Mª Sánchez Verdú. Su obra, coreográfica, sinfónica y camerística, ha sido presentada en salas de Estados Unidos y Europa, interpretada por solistas, conjuntos, y orquestas en festivales como el Sevenars Festival, la serie de música de cámara de la Baltimore Symphony, el Festival Leo Brouwer, Sonidos de las Américas (organizado por la American Composers Orchestra), la Neanderland Biennale, la Quincena Musical Donostiarra, los ciclos de la Fundación BBVA, la Mostra Sonora de Sueca, el Nou Sons de Barcelona y el Ensems de Valencia. Participó en la tercera edición del evento interdisciplinario Internal Lanscapes en Nueva York, en colaboración con el pintor Amadeo Peñalver, el Ollom Dance Theater y el cineasta Jakob Milikowski. Sus obras han sido premiadas en Estados Unidos por el Concurso de Composición “Virginia Carty Dellilo”, la Juilliard School y con premios de la ASCAP y de la BMI, en Italia por el Concurso “Goffredo Petrassi” y dos veces por el Concurso “Edigio Carella”, en adición a becas de la Corporación de las Artes Musicales de Puerto Rico. Ha recibido encargos del Instut Valencià de la Musica y la Neanderland Biennale y fue seleccionado para la posición de compositor residente por la Orquesta Sinfónica de Hartford, con la cual colaboró para crear un proyecto para el programa de residencias orquestales para compositores de la fundación Meet the Composer. Es socio fundador de Ars-On (arte abierto), asociación que ha organizado conciertos y conferencias junto a la agrupación musical residente de Ars-On y personalidades como César Camarero, Luis de Pablo, José Manuel López López, Jesús Rueda y Marcel Pérès.. Ha sido profesor en los conservatorios de Sagunto, Alicante y Castellón. Su libro La música de Puerto Rico: la salsa y Roberto Sierra fue recientemente publicado por la Sociedad Latina de Comunicación Social y sus obras musicales están publicadas por Bèrben y Periferia.